این سریال در دنیایی جایگیزین بجای ژاپن به نام "ژاپن بزرگ" در یک خط زمانی جایگزین که در آن توکوگاوا فعال باقی مانده و پس از شکست در جنگ جهانی دوم توسط نیروهای آمریکایی از بقیه جهان منزوی مانده است، اتفاق میافتد. آمریکاییها پایگاه هایی در اوکیناوا و جنوب ژاپن بزرگ دارند. داستان در آکادمی نظامی بوئو رخ می دهد. آکادمی بوئو جایی واقع در دامنه کوه فوجی است که در آن فرزندان خانوادههای نظامی برای تبدیل شدن به سامورایی آموزش میبینند.
این آکادمی درگیر یک مبارزه قدرت بین یوکیمورا سانادا و ماتابی گوتو از جناح تویوتومی و شورای دانشآموزی قدرتمندی است که بر مدرسه حکومت میکند. موناکرا یاگیو مالک دوجوی یاگیو، و جوبی یاگیو مرموز در وسط این درگیری گرفتار میشوند.
داستان مشابه فصل قبلی است، با این تفاوت که در اینجا اکشن کمدی، هارم، عاشقانه و اتفاقات ماورایی بیشتری وجود دارد. با وجود برخی قسمتهای فیلر نه چندان جذاب، معرفی گروه جدیدی از شخصیت های شرور، چاشنی جالبی به این انیمه اضافه کرده است که هم به شخصیتها و هم به رازهایی که با خود آوردهاند مربوط میشود.
این فصل در حالی که شباهت زیادی به فصل اول دارد، عناصر جدیدی را معرفی میکند؛ مانند تبدیل دوجوی یاگیو به یک کافه خدمتکار یا شخصیتهای جدید، بویژه چهار سامورایی تاریک که گاه به گاه ظاهر میشوند. همچنین یک شخصیت مربیگونه به نام مائدا کئیجی که تغییرات کافی ایجاد میکنند تا حتی اگر این انیمه را بلافاصله پس از سامورایی گرلز تماشا کنید، احساس تکرار نکنید. کمدی سریال هم در این فصل خنده دارتر شده. طرح کامل داستان در چند قسمت پایانی مشخص میشود که در آن اتفاقات به شدت افزایش مییابد و به یک پایان حماسی منتهی میشود که اگرچه کامل است اما به عقیده طرفداران کمی ضعیفتر از فصل اول است.
انیمیشن این اثر فوقالعاده است. آرت استایل آن بسیار متفاوت از سایر انیمهها است و همین منحصر به فرد بودن، طرفداران زیادی برای آن جمع کرده. طراحی شخصیت های دختر در این انیمه یکی دیگر از اهمیت های پرطرفدار بودن انیمیشن آن است که با دیدن سریال متوجه منظورم می شوید.