داستان موشی اوتا در آینده نزدیک اتفاق می افتد, ده سال قبل از شروع داستان موجودات حشره مانندی به نام موشی ظاهر میشوند. موشی ها این توانایی را دارند که با تغذیه کردن رویا ها و افکار انسان ها به آنها نیروهای ماورا طبیعه بدهند. پس از پایان قسمت اول شخصیت اصلی داستان دایسوکه “کاکو” کاسوریا با دختر جوانی به نام شیکا آموتو رو به رو میشود, آنها در نهایت به هم بسیار نزدیک میشوند, هرچند کاکو نمیداند که شیکی از یک زندان مخفی به نام گاردن که افرادی که با موشی ها رابطه داشته اند در ان نگهداری میشوند فرار کرده است. مقامات زندان بهترین قاتل خود را می فرستند تا شیکا را پیدا کند هرچند.