داستان از آنجا شروع میشود که ولورین و روگ درباره رفتن او با هم بحث میکنند. وقتی ولورین به سراغ چارلز و ژان گری می رود، سردرد می گیرند. یک انفجار رخ می دهد و چارلز و ژان ناپدید می شوند. ضربه روحی ناشی از آن باعث می شود که تیم مردان ایکس منحل شود و راه های جداگانه خود را طی کنند و لیگ بسیار مورد احترام خاویر یعنی حافظان صلح جهش یافته را از کار می افتد. به دلیل از دست دادن پروفسور، ژان و آسیب های شدید به عمارت، بسیاری از مردان ایکس ایمان خود را نسبت به ثبات تیم سابق خود ضعیف می بینند و از آن زمان خود را از جامعه سابق خود جدا کرده اند. یک سال بعد، سازمان MRD، یک سازمان تحت حمایت دولت که برای بازداشت و ثبت جهش یافتههای موجود ایجاد شده است، شروع به دستگیری جهشیافتهها از سراسر کشور در پاسخ به معترضان انسانی بیشماری میکند که مصمم به حفاظت از نسل بشر هستند. این اقدام باعث میشود که ولورین و بیست با هم متحد شوند و تصمیم بگیرند که تیم مردان ایکس را دوباره دور هم جمع کنند.
داستان و شخصیتهای این سریال را از کمیکها، برنامههای تلویزیونی قبلی و فیلمهای داستانی گرفتهاند. به عنوان مثال، طیف گسترده شخصیت ها یادآور محتوای کمیک ها است، اما این واقعیت که روگ یک نوجوان است مستقیماً از فیلم ها می آید. خط داستانی ارائه شده در اینجا شامل جنبه های بسیاری از کتاب های کمیک است، به ویژه روشی که سناتور کلی و سازمان MRD می خواهند جهش یافته ها را دستگیر کنند و البته معرفی جزیره جنوشا که آن هم از کتاب کمیک آمده است. در حالی که داستان های قدیمی نمایش هدف قرار میگیرند، اما نحوه روایت داستان رضایتبخش نیست. کمیک بوک های مردان ایکس همیشه درام بودند، اما باز کردن سریال با تیم جهشیافته پراکنده و از هم گسیخته اشتباه است. قدرت مردان ایکس در این واقعیت نهفته است که آنها به عنوان یک تیم کار می کنند، علیرغم اینکه شخصیت هایشان متفاوت هستند.